德阳市一起新冠本土疫情病毒基因特征分析
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德阳市科技计划项目 ( 2020SZ035 )


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    目的:对 2022 年10 月德阳市一起由新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)引起本土疫情的病毒进行全基因组测序和特征分析,为疫情的精准防控提供参考.方法:收集此次本土疫情的新冠感染者阳性标本,使用高通量二代测序技术对新型冠状病毒进行全基因组测序,并利用"微未来"MicronCov 基因组测序分析平台进行序列组装拼接.使用 Nextclade 与 Pangolin 在线平台分析病毒所属株系和具体型别,使用MAFFT(v.7.037b)进行多序列比对,应用进化分析软件MEGA 7 构建病毒的系统进化树,结合流行病学调查信息进行溯源分析.结果:测序得到 8 份高质量序列(覆盖度>96%),Nextclade 分型结果均为 22B Omicron,Pangolin分型均为 BA.5.2.48 变异株.与武汉参考株(EPI_ISL_402124)比对显示,8 条BA.5.2.48 序列存在 75-77 个核苷酸変异位点.其中 4 条序列共享 75 个核苷酸变异位点.另外 4 条序列中,有序列分别新增NSP12 区的A14960T、T15521A突变和A12160G回复突变;以及S蛋白NTD区的T22304A突变.进化树显示来源于德阳市 2 个不同区域的 8 份标本处在一个进化分支下,并与同时期广东、北京、天津的病例序列聚成一簇.结论:由omicron 变异株 BA.5.2.48 导致此次本土疫情,病毒在本地隐匿传播且持续变异,需持续加强新冠病毒本土变异监测工作.

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引用本文

李晓莉;何杨;杨国庆;吴晓宇;唐宏宇.德阳市一起新冠本土疫情病毒基因特征分析[J].四川生理科学杂志,2025,47(5):945-947+1081

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  • 在线发布日期: 2025-06-09
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