摘要:目的 对2022年10月德阳市一起由新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)引起本土疫情的病毒进行全基因组测序和特征分析,为疫情的精准防控提供参考。方法 收集此次本土疫情的新冠感染者阳性标本,使用高通量二代测序技术对新型冠状病毒进行全基因组测序,并利用“微未来”MicronCov基因组测序分析平台进行序列组装拼接。使用Nextclade与Pangolin在线平台分析病毒所属株系和具体型别,使用MAFFT( v.7.037b)进行多序列比对,应用进化分析软件MEGA 7构建病毒的系统进化树,结合流行病学调查信息进行溯源分析。结果 测序得到8份高质量序列(覆盖度>96%),Nextclade分型结果均为22B Omicron,Pangolin分型均为 BA.5.2.48变异株。与武汉参考株(EPI_ISL_402124)比对显示,8条BA.5.2.48序列存在75-77个核苷酸変异位点。其中4条序列共享75个核苷酸变异位点。另外4条序列中,有序列分别新增NSP12区的A14960T、T15521A突变和A12160G回复突变;以及S蛋白NTD区的T22304A突变。进化树显示来源于德阳市2个不同区域的8份标本处在一个进化分支下,并与同时期广东、北京、天津的病例序列聚成一簇。结论 由omicron变异株 BA.5.2.48导致此次本土疫情,病毒在本地隐匿传播且持续变异,需持续加强新冠病毒本土变异监测工作。